口袋妖怪火红游戏中可以复活化石，游戏内设有专门的化石复原设施，能够将收集到的各类化石转化为可培养的古代宝可梦，是完善图鉴与组建强力队伍的重要环节。
化石复活的核心地点位于红莲岛的宝可梦研究所，进入研究所后前往最内侧的研究房间，与负责化石复原的科学家对话即可启动复活流程。游戏内共有三种可复活的化石道具，分别是月见山深处可选择获取的贝壳化石与甲壳化石，以及尼比市博物馆右侧小屋内获得的神秘琥珀，贝壳化石可复活为菊石兽，甲壳化石可复活为化石盔，神秘琥珀则能复活为化石翼龙，三种化石宝可梦进化后均具备不俗的战力，适合补充队伍的属性短板。
进行化石复活操作时，必须保证同行宝可梦队伍留有至少一个空位，否则无法接收复活成功的宝可梦，提交化石后无需等待漫长流程，走出研究所再重新进入，即可找科学家领取复原完成的宝可梦。月见山的化石选择为二选一，无法同时获得两种，建议根据队伍需求抉择，偏爱水岩属性联防可选贝壳化石，追求物攻输出与速度优势则选择甲壳化石，神秘琥珀获取需要先掌握居合斩技能，砍断尼比市博物馆旁的小树才能进入小屋领取，前期需合理规划秘传机学习顺序。
复活后的化石宝可梦初始等级较低，需要在宝可梦中心恢复状态后投入练级，菊石兽进化为多刺菊石兽后擅长特攻与水系招式，化石盔进化为镰刀盔后物攻与速度表现突出，化石翼龙则凭借高速度与飞行岩属性组合成为通关与对战的实用选择。除了化石复活途径，冠军之路等区域也能偶遇野生的化石盔与菊石兽，但个体值与培养灵活性远不如亲手复活的个体，优先完成化石收集与复活能更早获得稳定战力。
